Храм основан самим преподобным Севастианом в Большой Михайловке (один из районов города Караганды). Поначалу он был совсем мал, да и к тому же находится наполовину под землёй. В 1957 г. власти города не дали разрешения общине старца Севастиана перестроить имеющийся храм, расположенный в частном доме. А потолок в нём буквально нависал над головами прихожан, множество переборок и опор разделяли храм на несколько частей

Вот тогда, из-за невозможности поднять потолок, старец благословил углубить пол в имеющемся храме. Все прихожане активно принялись за работу и тайно начали выбирать землю с пола, под перекрытие были проложены балки, а множество опор заменили четырьмя столбами. Таким образом, потолок храма удалось приподнять за счёт углубления пола, а за счёт малого числа опор удалось получить достаточно просторное помещение, и это притом, что с наружи дом оставался таким же. В 1970 - х годах происходило проседание грунта под Богородице-Рождественским храмом в Михайловке, вследствие шахтных выработок. И в конце 1989 года владыка Евсевий благословил строить новый Храм в Караганде, для того чтобы перевести Богородице-Рождественский приход и сохранить название двух имеющихся приделов Михайловского прихода, а третий придел новостроящегося храма посвятить св.мученику Севастиану, небесному покровителю Преподобного Севастиана. С распадом СССР работы по добычи угля были свёрнуты, и пласт под Михайловкой остался неразработанным.